quarta-feira, 30 de novembro de 2011

Música sobre a bioquímica

Aqui fica mais uma música de Natal (Oh Christmas tree) que foi utilizada pelo Dr. Ahern (www.davincipress.com/metabmelodies.html) para fazer uma canção diferente, desta vez sobre a Bioquímica.
Biochemistry/Biochemistry

Biochemistry Biochemistry
I wish that I were wiser
I feel I'm in way o'er my head
I need a new advisor

My courses really shouldn't be
Such metabolic misery
Biochemistry Biochemistry
I wish that I were wiser

Biochemistry Biochemistry
Reactions make me shiver
They're in my heart and in my lungs
They're even in my liver

I promise I would not complain
If I could store them in my brain
Biochemistry Biochemistry
I wish that I were wiser

Biochemistry Biochemistry
I'm truly in a panic
Your mechanisms murder me
I should have learned organic

For all I have to memorize
I ought to win the Nobel Prize.
Biochemistry Biochemistry
I wish that I were wiser

segunda-feira, 28 de novembro de 2011

sexta-feira, 25 de novembro de 2011

Grupo amida

O grupo amida é originado quando um grupo carboxílico reage com um grupo amina. É caracterizado pela presença de um carbono ligado a um oxigénio através de uma ligação dupla e a um azoto através de uma ligação simples.
Na realidade, apesar de essa ser a representação mais comum, o grupo amida exibe uma deslocalização electrónica que envolve os átomos de oxigénio, carbono e azoto. Ou seja, a ligação entre o carbono e o oxigénio é parcialmente dupla, o mesmo se verificando para a ligação entre o cabono e o azoto. Isso faz com que o grupo amida apresente uma conformação rígida, onde os 3 átomos referidos definem um plano.
O grupo amida pode estar localizado na extremidade de uma molécula, sendo que nesse caso o azoto se encontra ligado a 2 hidrogénios, ou então pode estar numa posição interna, fazendo com que o azoto esteja ligado a um hidrogénio e a um segundo carbono, ou a 2 carbonos diferentes.

Apesar de possuir azoto, o grupo amida não possui um comportamento alcalino significativo.
Na bioquímica o grupo amida surge em lugar de destaque porque é o grupo funcional existente nas ligações peptídicas.


Os grupos amida podem ser identificados por espectroscopia de infravermelhos (apresentam uma banda VCO a cerca de 1650 cm−1).

quinta-feira, 24 de novembro de 2011

quarta-feira, 23 de novembro de 2011

sábado, 19 de novembro de 2011

Música sobre o DNA

Quem é que não conhece a música YMCA? Aqui fica uma versão dela sobre o DNA, feita pelo Dr. Ahern (www.davincipress.com/metabmelodies.html)... :)

http://www.mediafire.com/?v0lk6tqayxgjpcb



B-DNA

Phosphates
Are in nucleotides
I say phosphates
Cover bases inside
I say phosphates
Span the 5 and 3 primes
There's no need - to - be - all - mixed - up

Bases
Carry info you see
I say bases
Are all complement'ry
I say bases
Like A,T,G and C
They have got - to - be – all - paired - up

It's fun to play with some
B-DNA
It's got a boatload of
G-C-T-A
It's got everything
A polymerase needs
When you melt all the A's and T's

It's fun to play with some
B-DNA
It's got a boatload of
G-C-T-A
You can make RNAs
With a po-ly-mer-ase
Just by pairing up U's with A's

Proteins
Full of amino A's
I say proteins
Come from mRNAs
I say proteins
Require tRNAs
There is more – you - need - to – trans-late

Codons
Like our friend U-A-C
I say codons
Come in clusters of three
I say codons
Have one base wobble –ee
Now you can - go - forth - and - tran-slate

It's fun to play with some
B-DNA
It's got a boatload of
G-C-T-A
All those hydrogen Bs
And right-hand he-li-ces
Anti-par-a-llel fives and threes

It's fun to play with some
B-DNA
It's got a boatload of
G-C-T-A
All those hydrogen Bs
And right-hand he-li-ces
Anti-par-a-llel fives and threes

It's fun to play with some
B-DNA
It's got a boatload of
G-C-T-A
All those hydrogen Bs
And right-hand he-li-ces
Anti-par-a-llel fives and threes

quarta-feira, 16 de novembro de 2011

Grupo éster

O grupo éster é caracterizado por ser um grupo funcional interno, ou seja, não surge nas extremidades das moléculas. Apresenta dois átomos de oxigénio ligados ao mesmo carbono, um através de uma ligação dupla e outro através de uma ligação simples (R1-COO-R2). É um grupo polar neutro, ou seja, não apresenta propriedades ácidas ou básicas. Pode estabelecer ligações de hidrogénio, funcionando como um aceitador de H.


É formado através da reação de um grupo carboxílico com um grupo hidroxilo. De uma forma simples, surgem quando o hidrogénio do grupo hidroxilo é substituído por uma porção orgânica.
Podem ser identificados por espectroscopia de infravermelhos (apresentam uma banda entre 1730-1750 cm-1).

quarta-feira, 9 de novembro de 2011

Música sobre a fermentação (2)

Mais uma música de Natal (Rudolph the Red-Nosed Reindeer) que se transformou numa música sobre a bioquímica, desta vez sobre a fermentação. Obrigado Dr. Ahern
(www.davincipress.com/metabmelodies.html).

http://www.mediafire.com/?5afx4u8ed6uk80l

The Alcohol Song


Cells go through fermentation
When they’re out of NAD
Substrate phosphorylation’s
How they make their ATP

Cells are efficient makers ( . . .of)
Energy on which to live
With no electron takers
They need an alternative

Oh glycolysis would stop
Without NAD
Isn’t fermentation great?
For reducing pyruvate!

And if you might be thinking
“Man this isn’t cool at all”
Ask yourself when you’re drinking
“Where do we get alcohol?”

segunda-feira, 7 de novembro de 2011

sábado, 5 de novembro de 2011

Grupo amina

O grupo amina é caracterizado pela presença de um átomo de azoto com um par de electrões não ligantes. É derivado do amoníaco, onde um ou mais hidrogénios foram substituídos por outros átomos.
As aminas podem ser divididas em primárias, secundárias e terciárias. As primárias são aquelas em que apenas um dos 3 átomos de hidrogénio do amoníaco foi substituído por uma cadeia alquilo. As aminas secundárias apresentam duas cadeias alquilo e as terciárias três. As aminas secundárias e terciárias podem apresentar-se na forma linear ou na forma cíclica.



As aminas podem ser designadas de diferentes formas. Normalmente, utiliza-se o prefixo amino- (“aminoácido”, por exemplo) ou o sufixo –amina (“glucosamina”, por exemplo). Quando há uma substituição no grupo amina, utiliza-se o prefixo N- para designar esse substituinte.
As aminas podem estabelecer pontes de hidrogénio, pois possuem um átomo de H ligado a um átomo muito electronegativo (N, neste caso).
As aminas comportam-se como bases fracas, podendo captar um H+, devido à existência do par de electrões não ligantes no átomo de azoto. São o grupo funcional alcalino mais relevante na bioquímica.

quinta-feira, 3 de novembro de 2011

Música sobre a hemoglobina

O Natal já começa a aproximar-se e uma música de Natal bem conhecida (Santa Claus is Coming to Town) foi adaptada pelo Dr. Ahern (www.davincipress.com/metabmelodies.html) de forma a descrever o funcionamento da hemoglobina.


Hemoglobin's Moving Around
Oh isn't it great
What proteins can do
Especially ones that bind to O
Hemoglobin's moving around

Inside of the lungs
It picks up the bait
And changes itself from T to R state
Hemoglobin's moving around

The proto-porphyrin system
Its iron makes such a scene
Arising when an O binds
Pulling up on histidine

The binding occurs
Cooperatively
Thanks to changes qua-ter-nar-y
Hemoglobin's moving around

It exits the lungs
Engorged with O
In search of a working body tissue
Hemoglobin's moving around

The proton concentration
Is high and has a role
Between the alpha betas
It finds imidazole




To empty their loads
The globins decree
"We need to bind 2,3BPG"
Hemoglobin's moving around

The stage is thus set
For grabbing a few
Cellular dumps of CO
Hemoglobin's moving around

And then inside the lungs it
Discovers ox-y-gen
And dumps the CO off
To start all o'er agin

So see how this works
You better expect
To have to describe the Bohr effect
Hemoglobin's moving around

terça-feira, 1 de novembro de 2011

Frase célebre (3)

"A essência da vida é a improbabilidade estatística numa escala colossal." - Richard Dawkins.