quarta-feira, 31 de agosto de 2011

Mapa metabólico sobre a síntese de esfingolípidos

terça-feira, 30 de agosto de 2011

Piadas científicas (10)

Qual é o grupo funcional mais abundante no espaço?
É o éter.

Qual é o melhor composto para neutralizar os compostos de amónio?
É o óxido de antimónio.

segunda-feira, 29 de agosto de 2011

Ciclo de Krebs (generalidades) - parte 2

Por cada ciclo de Krebs efectuado, são produzidas 3 moléculas de NADH, 1 de FADH2 e 1 de ATP(GTP).
A passagem dos electrões de uma molécula de NADH para o O2 na fosforilação oxidativa leva à formação de 2,5 moléculas de ATP. Se o dador de electrões for o FADH2, são formadas 1,5 moléculas de ATP. Portanto, uma molécula de glucose, completamente oxidada a CO2, via glicólise, piruvato desidrogenase, ciclo de Krebs e fosforilação oxidativa, origina 32 moléculas de ATP.

O ciclo de Krebs desempenha um papel central no metabolismo celular, pois todos os nutrientes que podem ter um papel “energético” geram no seu catabolismo acetil-CoA.  
Além de oxidar acetil-CoA a CO2 e produzir ATP, NADH e FADH2, também recebe vários intermediários resultantes de várias vias catabólicas. Oxaloacetato e α-cetoglutarato, por exemplo, são os produtos da decomposição de aspartato e glutamato. Além de receber intermediários de vários processos catabólicos, fornece também vários intermediários para processos anabólicos. Devido a esta característica (servir vias catabólicas e anabólicas) o ciclo de Krebs é um processo anfibólico.
Oxaloacetato e α-cetoglutarato são também percursores de aminoácidos e das bases púricas e pirimídicas. Oxaloacetato é convertido em glucose na gluconeogénese, succinil-CoA é intermediário na síntese do anel porfirínico dos grupos heme.
Quando os intermediários do ciclo de Krebs são desviados para processos biossintéticos, a sua quantidade é reposta por reacções anapleróticas. A reacção anaplerótica mais importante no fígado e nos rins é a carboxilação reversível do piruvato para originar oxaloacetato. A enzima que catalisa esta reacção é a piruvato carboxilase e é estimulada por acetil-CoA. Outra reacção anaplerótica importante é a carboxilação do fosfoenolpiruvato originando oxaloacetato. A enzima que catalisa esta reacção é a fosfoenolpiruvato e é estimulada por frutose-1,6-bisfosfato. Outras reacções anapleróticas importantes são as transaminações, de forma a obter aminoácidos (os intermediários do ciclo fornecem o esqueleto de carbonos). O ciclo também fornece intermediários para a síntese de glucose (gluconeogénese) e de ácidos gordos.

Principais fontes bibliográficas:
- Quintas A, Freire AP, Halpern MJ, Bioquímica - Organização Molecular da Vida, Lidel
- Nelson DL, Cox MM, Lehninger - Principles of Biochemistry, WH Freeman Publishers

domingo, 28 de agosto de 2011

quinta-feira, 25 de agosto de 2011

Piadas científicas (9)

Qual é o elemento químico mais violento?
É o Césio (Cs).

Qual é o elemento químico mais musical?
É o Silício (Si).

quarta-feira, 24 de agosto de 2011

segunda-feira, 22 de agosto de 2011

Música sobre lipoproteínas

Mais uma música do Dr. Kevin Ahern (www.davincipress.com/metabmelodies.html), desta vez sobre lipoproteínas, baseada na God Rest Ye Merry Gentlemen. Aqui fica o link para o download...

http://www.mediafire.com/?0566i2250jc7t0p

God Rest Ye Merry Lipoproteins
Instructor Sings
God rest ye merry dieters
With high cholesterol
Your chylomicrons all contain
Triacylglycerols
And move from lymph to capillaries
Where their progress stalls

Everyone sings
Tha-anks lipo protein li-pase,
Protein lipase
O-oh thank you lipo protein li-pase


Instructor Sings
And after their fat goodies
Have been hydrolyzed away
The chylomicron remnants
Go along their merry way
The liver grabs them from the blood
And puts them all away

Everyone sings
Just as we should do with Kenneth Lay,
Kenneth Lay
O-oh just as we should do with Kenneth Lay
(Note - He's the Enron guy)


Instructor Sings
And when the liver gets a message
From the body's cells
It makes up little packages
We call VLDLs
They seem like chylomicrons, but turn
In to something else

Everyone sings
Please don't become the LDLs ,
LDLs
O-oh please don't become the LDLs


Instructor Sings
For LDLs cause chaos
When their insides oxidize
The macrophages bind to them
And foam cells can arise
You'd better watch your diet
Or your blood flow will downsize

Everyone sings
And that would not be very wise,
Very wise
No-oh that would not be very wise


Instructor Sings
So if you take some lessons from
This little comic bit
Your diet should be healthy
And you should try to stay fit
Eat greens and drink red wine but try
Not to overdo it

Everyone sings
And your heart will never ever quit
Want to quit
No, no your heart will never ever quit

sábado, 20 de agosto de 2011

Ciclo de Krebs (generalidades) - parte 1

O ciclo de Krebs é também designado por ciclo do ácido cítrico ou dos ácidos tricarboxílicos. É um processo catabólico que ocorre na mitocôndria, mais concretamente, na matriz mitocondrial (conforme irei destacar num próximo post, apenas uma reacção se dá em associação com a membrana interna da mitocôndria). Neste ciclo a célula oxida moléculas de acetil-CoA a CO2, sendo a energia libertada conservada sob a forma de NADH e FADH2. O ciclo de Krebs é unicamente aeróbio, pois apesar de o O2 não participar directamente no ciclo, o NAD+ e o FAD só podem ser regenerados na mitocôndria através da transferência de electrões para o O2 (no post relativo à regulação do ciclo de Krebs, que irei colocar em breve, vai ser possível ver que se se acumula NADH, que é o que acontece na ausência de O2, o ciclo de Krebs é inibido...).
No ciclo de Krebs oxidamos vários moles de acetil-CoA por dia. Os oxidantes são o NAD+ e o FAD que se reduzem a NADH e FADH2. Na célula só existem algumas micromoles de NAD+ e FAD e dentro da mitocôndria (onde o ciclo ocorre) a regeneração do NAD+ e do FAD depende da cadeia respiratória, pelo que em condições anaeróbias não existe ciclo de Krebs. O ciclo de Krebs é como que um “moinho” em que o “grão” (o substrato) é o grupo acetilo do acetil-CoA e a “farinha” (os produtos) são o CO2 e os electrões (NADH e FADH2); a “mó do moinho” são as enzimas e os compostos intermediários.

Principais fontes bibliográficas:
- Quintas A, Freire AP, Halpern MJ, Bioquímica - Organização Molecular da Vida, Lidel
- Nelson DL, Cox MM, Lehninger - Principles of Biochemistry, WH Freeman Publishers

quinta-feira, 18 de agosto de 2011

Curiosidades bioquímicas (2)


Coca-Cola:
1. Se se colocar um bife num recipiente com Coca-Cola, ele desaparece em dois dias.
2. Para remover manchas em pára-choques cromados de carros antigos, o ideal é esfregá-las com um pedaço
de papel de alumínio amassado embebido em Coca-Cola.
3. A Coca-Cola é um óptimo desentupidor de canos, pois dissolve a gordura acumulada.

Como se pode ver, a Coca-Cola é muito mais do que uma bebida... :)


quarta-feira, 17 de agosto de 2011

terça-feira, 16 de agosto de 2011

domingo, 14 de agosto de 2011

Música sobre a glicólise (2)

O Dr. Ahern (www.davincipress.com/metabmelodies.html) baseou-se na canção A Few of My Favorite Things para dedicar uma música à glicólise. Aqui fica o link para o respectivo download.

http://www.mediafire.com/?9p72whbfjhfctxp



Instructor sings
Aldehyde sugars are always aldoses and
If there's a ketone we call them ketoses
Some will form structures in circular rings
Saccharides do some incredible things

Onto a glucose we add a 'P' to it
ATP energy ought to renew it
Quick rearranging creates F6P
Without requiring input energy

Everyone Sings
At a high rate
Add a phosphate
With PFK
F1,6BP is made up this way
So we can run and play

Instructor sings
Aldolase breaks it and then it releases
DHAP and a few G3Pieces
These both turn in to 1,3 BPG
Adding electrons onto NAD

Phosphate plus ADP makes ATP
While giving cells what they need - en-er-gy
Making triphosphate's a situa-shun
Of substrate level phosphoryla-shun

Everyone Sings
3-B-P-G
2-B-P-G
Lose a water
PEP gets a high energy state
Just to make py-ru-vate

Instructor sings
So all the glucose gets broken and bent
If there's no oxygen cells must ferment
Pyruvate / lactate our cells hit the wall
Some lucky yeast get to make ethanol

This is the end of your glucose's song
Unless you goof up and get it all wrong
Break it, don't make it to yield ATP
You'll save your cells from fu-til-i-ty

The Sound of Glucose

sábado, 13 de agosto de 2011

Piadas científicas (8)

Qual é o ácido cuja ionização é reversível e cíclica?
É o ácido periódico.

Qual é o elemento químico que está sempre na sombra?
É o índio, porque está por baixo do gálio.

quarta-feira, 10 de agosto de 2011

Oxidação do piruvato

Em condições aeróbicas, a maioria das células eucarióticas e várias bactérias oxidam o piruvato, produzido na glicólise, a CO2 e H2O, em vez de o reduzirem a lactato ou etanol.

Produção de acetil-CoA a partir do piruvato
As moléculas de acetil-CoA são a forma sob a qual o ciclo de Krebs aceita a maior parte do seu combustível. O piruvato é oxidado a acetil-CoA e CO2 por um complexo enzimático (3 enzimas) denominado complexo piruvato desidrogenase. Este complexo localiza-se na mitocôndria (eucariotas) ou no citosol (procariotas).

A oxidação do piruvato a acetil-CoA é um exemplo de uma descarboxilação oxidativa irreversível. A irreversibilidade da reacção foi demonstrada provando que quando se usa CO2 marcado radioactivamente não é possível obter piruvato com carbono radioactivo.

Além da acetil-CoA e do CO2, esta reacção produz uma molécula de NADH a partir de NAD+.
O complexo piruvato desidrogenase requer a acção de 5 cofactores: tiamina pirofosfato (TPP), dinucleótido flavina adenina (FAD), coenzima A (CoA), dinucleótido nicotinamida adenina (NAD+) e lipoato. 4 vitaminas necessárias na nutrição humana são componente vitais deste sistema: tiamina (para TPP), riboflavina (para FAD), niacina (para NAD) e pantotenato (para CoA).
As enzimas componentes do complexo piruvato desidrogenase são: piruvato desidrogenase, dihidrolipoil transacetilase e dihidrolipoil desidrogenase. Cada uma destas enzimas está presente em múltiplas cópias.

Mutações nos genes que codificam as subunidades deste complexo enzimático, bem como uma dieta deficiente em tiamina podem ter consequências graves. Animais carentes de tiamina são incapazes de oxidar normalmente o piruvato. Isto tem implicações principalmente a nível do cérebro, que normalmente obtém toda a sua energia a partir da oxidação da glucose, num processo que envolve necessariamente a oxidação do piruvato. Beribéri é uma avitaminose causada por carência de tiamina é caracterizada por uma perda da função neuronal. Esta doença é mais frequente nas populações que se alimentam predominantemente de arroz branco (polido). É nas cascas do arroz que a maior parte da sua tiamina se encontra.






Principais fontes bibliográficas:
- Quintas A, Freire AP, Halpern MJ, Bioquímica - Organização Molecular da Vida, Lidel
- Nelson DL, Cox MM, Lehninger - Principles of Biochemistry, WH Freeman Publishers

terça-feira, 9 de agosto de 2011

Vídeo sobre o transporte de ácidos gordos para a mitocôndria

Aqui fica um vídeo sobre o processo de transporte de ácidos gordos para a mitocôndria, para posterior oxidação.

segunda-feira, 8 de agosto de 2011

Animação sobre a inibição por feedback

Aqui fica o link para o download de uma animação em flash sobre a inibição por feedback, também designada por feedback negativo ou retro-inibição.

http://www.mediafire.com/?du7e5ag5poj2c4o

domingo, 7 de agosto de 2011

Banda com nome bioquímico...

Hoje decidi colocar um post com algo diferente... um vídeo de um grupo musical chamado Ketone Bodies! :)

sábado, 6 de agosto de 2011

Piadas científicas (7)

Como se determina a entalpia de uma reacção no laboratório?
Misturam-se os reagentes e derramam-se entalpia.

Qual é o elemento químico mais bem informado?
É o frâncio, porque está ao lado do rádio.

quarta-feira, 3 de agosto de 2011

Música sobre a Bioquímica

Esta música do Dr. Kevin Ahern (www.davincipress.com/metabmelodies.html) é uma homenagem a todos os que estudaram ou estudam bioquímica. É uma adaptação da conhecida American Pie. Aqui fica o link para o download do ficheiro mp3.

http://www.mediafire.com/?l0i55h8lrjl70ai

Biochemistry Pie


So why why biochemistry why
Does percent misrepresent that
My attention is high?
And all the students have a rallying cry
Singin' I will be a studious guy
I will be a studious guy

Did you draw an alanine?
And can you titrate a histidine?
If you know its p-K-a
Now do you believe you'll have it made
If you can pull a decent grade
And can recitation lead me to an 'A'?

Well we learned that protein structure is
A bunch of pleats and helixes
True beauty to behold
Man I dig how proteins fold!

There are seniors in pre-pharmacy
Learning all that chromatography
Gel filtration / HPLC
For bi-o-che-mis-try

I started Singin'
Why why biochemistry why
Must performance be enormous for
My grade to be high?
And all the students have a rallying cry
Singin' I will be a studious guy
I will be a studious guy

Now for ten weeks we've been crammin' in
The fact that nuc-le-i have spin
But that's not all there is to see
There are six enzyme classes from EC
A cat-a-lytic triad three
And a voice that whispers Delta G

Oh, with enzymes there are lots of facts
Like low Kms and high Vmax
Some zymogens break down
If trypsin is around
And while Kevin lectured Milam Hall
His camera captured movies small
Sometimes they had no sound at all
In bi-o-che-mis-try

We were singing
Why why biochemistry why
Should I lament my last percent
If my incentive was high?
And all the students have a rallying cry
Singin' I will be a studious guy
I will be a studious guy

R state, T state metabolic soul mates
Protein forms that we appreciate
ATCase binding siiii----iiiites
They grab a C-T-P upright
The enzyme gets itself uptight
With aspartate on the sidelines out of sight

Then the stage was set for ex-am two
And some of us were feeling blue
I almost lost my nerve
Whoa, 'til I moved up on the curve
'cause my memory to me revealed
The answers that had been concealed
As if the key had been unsealed
For bi-o-che-mis-try

I'm always Singin'
Why why biochemistry why
Must a student be so prudent
Just to qua-a-lify?
And all the students have a rallying cry
Singin' I will be a studious guy
I will be a studious guy

(two stanzas skipped here)

We all pulled down the MP
And memorized the older keys
Then I just smiled and carried on
I went down to the class web site
To download ev-e-ry highlight
But the server said the pages were all gone

And in their rooms, the students stayed
The chemists crammed and the pre-meds prayed
There was no indecision
The end was in our vision
And the section that had made me fret
The questions for the problem set
I nailed them all without a sweat
In bi-o-che-mis-try
3s

And I was singin'
Bye bye biochemistry bye
You can debit all my credit
'Cause my grade is so high
And all the students have a rallying cry
Singin' there'll be a party tonight
There'll be a party tonight

And I was singin'
Bye bye biochemistry bye
You can debit all my credit
'Cause my grade is so high
And all the students have a rallying cry
Singin' there'll be a party tonight

A long nine weeks ago
I can still remember
How the lectures sometimes made me smile
I pushed myself to study lots
So I could fill my head with thoughts
And then I'd find the effort all worthwhile

But mid-term one, it left me jaded
I worried as exams were graded
Sad news came from Kevin
The average - forty seven

It was so bad I went in shock
I couldn't stand to hear the talk
Of Henderson and Hasselbalch
And bi-o-che-mis-try

terça-feira, 2 de agosto de 2011

segunda-feira, 1 de agosto de 2011

Fermentação alcoólica

A primeira reacção requer a presença de Mg2+ e a segunda reacção regenera NAD+ a partir de NADH (uma molécula por molécula de piruvato). Conforme já referi no post da fermentação láctica, é este o objectivo da fermentação, a regeneração de NAD+, para que a glicólise possa continuar a ocorrer.
A enzima piruvato descarboxilase está normalmente presente nas leveduras usadas no fabrico de bebidas e pão. A gaseificação do champanhe e de outras bebidas alcoólicas, bem como as bolhas presentes no miolo do pão são originadas pela descarboxilação do piruvato.
 











A fermentação alcoólica não ocorre no nosso organismo. Tenham em atenção que quando eu digo isto, não estou a afirmar que nós não conseguimos metabolizar o etanol, pois esse é um processo independente da fermentação. O que eu estou a dizer é que é impossível o nosso organismo converter glucose em etanol.

Principais fontes bibliográficas:
- Quintas A, Freire AP, Halpern MJ, Bioquímica - Organização Molecular da Vida, Lidel
- Nelson DL, Cox MM, Lehninger - Principles of Biochemistry, WH Freeman Publishers