Mapa metabólico sobre a síntese da leucina

Piadas científicas (12)

Por que é que quando o Aladino esfregou a lâmpada, saiu cloro em gás de lá de dentro?

Porque ele disse: alô génio.

In a lecture of physiology...

"Who can tell me how these cells communicate with one another?" asked the instructor, expecting someone to explain the phenomenon of neurotransmission.

After a few muffled whispers, one student finally spoke up. "With cellular phones?"

Grupos funcionais (generalidades)

Todas as substâncias têm propriedades que lhes conferem características físico-químicas específicas. Estou a falar de coisas simples como cor, sabor, cheiro, estado físico, solubilidade, etc.

Mas como é que essas diferentes características são explicadas ao nível molecular/atómico? O que é que faz com que uma substância seja líquida à temperatura ambiente e outra sólida, por exemplo? A resposta passa pela composição das moléculas. Mas não estou só a falar do tamanho, que, como é óbvio, é um parâmetro muito importante. Estou também a falar na presença de determinados átomos, e nas proporções relativas dos átomos que constituem a molécula... Características como cheiro, cor ou sabor, são uma consequência direta da composição atómica das moléculas. Mas outras características como, por exemplo, estado físico, ponto de ebulição e ponto de fusão estão também relacionadas com essa composição, ainda que nesse caso a relação seja mais indireta.

De uma maneira geral, as características de uma determinada substância dependem da presença de determinados grupos funcionais na mesma. E o que são grupos funcionais? Basicamente, são conjunto de átomos organizados em estruturas submoleculares que alteram as propriedades das substâncias. São eles que determinam as interações que as moléculas estabelecem com elas próprias e com moléculas vizinhas. Além disso, são eles os responsáveis pela reatividade das moléculas. Ou seja, um determinado grupo funcional reage sempre da mesma forma com outro (por exemplo, um grupo carboxílico origina sempre um éster quando reage com um álcool...), independentemente da restante composição da molécula onde está inserido. Ao mesmo tempo, é a presença dos grupos funcionais que vai tornar uma molécula mais ou menos reativa. Portanto, pode dizer-se que são os grupos funcionais que determinam a reatividade e os tipos de reações químicas que as moléculas podem sofrer.

Quando se fala em grupos funcionais, existe sempre alguma ambiguidade no que se deve considerar ou não como pertencendo a essa classe. Há autores que defendem que os grupos funcionais devem possuir pelo menos um átomo diferente de C e H (com excepção para o grupo fenilo), enquanto outros consideram também o grupo metilo, etilo, etc., como sendo igualmente grupos funcionais.

Em breve irei começar a colocar uns posts a detalhar os principais grupos funcionais...

Jogo sobre os hidratos de cabono

Aqui fica o link para um quizz sobre hidratos de carbono:

http://www.funtrivia.com/playquiz/quiz2768101fb0fb8.html

Tatuagem - átomo (1)

Animação sobre a mitose e a meiose (2)

Mais uma animação que compara a mitose e a meiose...

http://www.mediafire.com/?lspx4uu9sazcdv7

Cartoon sobre terapia génica

Música sobre os ácidos gordos

Esta música do Dr. Ahern (www.davincipress.com/metabmelodies.html) é sobre o papel dos ácidos gordos nas nossas células e tem por base a canção Halls of Montezuma.

http://www.mediafire.com/?2exx92e6264493c

Fatty Acids in Our Cells

From the fatty acids in our cells

To the lipids in our brains

We are made of biochemicals

Built in metabolic chains

Using glycolytic ATP

And electron energy

We can synthesize most everything

With the help of Delta G

A cell will tend to pump out sodium

But potassium it imports

It accomplishes this magic with

ATPase antiports

Our bilayer lipid membranes

Protect the cells' insides

Partly made of sphingolipids

We know as gangliosides

When it comes to regulation

The little cell has got it made

It phosphorylates a lot of things

With its own kinase cascade

Stimulated at a hormone site

Metabolic yang and yin

That's turned on by epinephrine

And turned off by insulin

Mapa metabólico sobre a síntese de lisina

Vídeo sobre o ciclo de Krebs (3)

Este vídeo é diferente... é sobre o ciclo de Krebs, mas numa versão de Legos! :)

Animação sobre a mitose e a meiose

Aqui fica o link para o download de uma animação que compara a mitose e a meiose.

http://www.mediafire.com/?61b76085w0gg9s9

Ciclo de Krebs (reações) - parte 2

Passo 5: conversão de succinil-CoA em succinato

Esta reacção requer Mg²⁺. A enzima que catalisa esta reação, succinil-CoA sintetase, quebra a ligação tioéster (S-CoA), libertando uma grande quantidade de energia que é utilizada para fosforilar o GDP em GTP. É mais um exemplo de um acoplamente energético.

Passo 6: oxidação de succinato a fumarato

O succinato é oxidado a fumarato, levando à produção de FADH₂ a partir de FAD. A reação é catalisada pela succinato desidrogenase que é a única enzima do ciclo de Krebs que não está na matriz, mas sim fortemente associada à membrana interna da mitocôndria.

Passo 7: Hidratação de fumarato a malato

Esta enzima é altamente estéreo-específica, produzindo apenas o esteroisómero L-malato. A reação é reversível nas condições celulares.

Passo 8: oxidação do malato a oxaloacetato

Esta reacção produz uma molécula de NADH a partir de NAD⁺. Em condições intracelulares a reacção está bastante deslocada no sentido inverso, mas como o oxaloacetato é continuamente removido (pela reacção de síntese de citrato, pela gluconeogénese ou por transaminação para originar aspartato), o equilíbrio é deslocado no sentido directo. O oxaloacetato utilizado na primeira reação do ciclo de Krebs é então regenerado, pelo que teoricamente uma molécula de oxaloacetato pode estar envolvida na oxidação de um número infinito de moléculas de acetil-CoA (tem um papel “catalítico”) e, por isso, o oxaloacetato está presente nas células em concentrações muito baixas.

Principais fontes bibliográficas:

- Quintas A, Freire AP, Halpern MJ, Bioquímica - Organização Molecular da Vida, Lidel

- Nelson DL, Cox MM, Lehninger - Principles of Biochemistry, WH Freeman Publishers

Curiosidades bioquímicas (4)

O ferro de passar a roupa desliza mais facilmente sobre as roupas se se colocar um pouco de pasta dos dentes no fundo do ferro.

Jogo sobre química

Aqui fica o link para vários jogos de palavras-cruzadas sobre temas relacionados com a química...

Divirtam-se!

http://www.creative-chemistry.org.uk/funstuff/xword/index.htm

Música sobre a fermentação

Eu gosto muito desta música do Dr. Ahern (www.davincipress.com/metabmelodies.html)... :)
É sobre a fermentação e baseia-se na famosa Oh Susana!

Aqui fica o link para o download:
http://www.mediafire.com/?zhbfbz91u70ca10

Oh, late last night I went to jog

when everything was still

I came upon a gravel road

a-windin’ up the hill

I don’t know why I did it but

I played a game with death

Ran up that hill in double time

And held in all my breath

Fermentation!

I need some NAD+

my cells are lackin’ oxygen

But using ATP

‘bout half way up I felt the burn

My hip down to my knee

if only I had stayed awake

In biochemistry

then I’d have had a warning, but

regrets were just too late

I stood in pain - my body was

reducing pyruvate!

Fermentation!

I need some NAD+

my cells are lackin’ oxygen

But using ATP

Well up came my professor who

was trailin’ close behind

he told me how fermenting was

a process most unkind

Oh ATP is energy

It’s keeping you alive

It’s mostly made by protons mov- ing

through the complex five

Fermentation!

I need some NAD+

my cells are lackin’ oxygen

But using ATP

In making ATP a pro- ton gradient is key

to ADP’s phosphoryla- tion, oxidatively

Electrons pass through complex four

And oxygen, you know

picks up four more electrons and

Fermentation!

I need some NAD+

my cells are lackin’ oxygen

But using ATP

I hope that you can clearly see

Exactly what I meant

That oxygen is needed for

The proton gra-di-ent

your muscles work in overdrive

And use up ATP

you might be breathin’ hard but lack sufficient energy

Fermentation!

I need some NAD+

my cells are lackin’ oxygen

But using ATP

You’re in a heap o’ trouble and

this breath may be your last

if you can’t make some ATP

and NAD+ real fast

It’s lactate dehydrogenase

To save the day, you see

Turn pyruvate to lactate and

Produce more NAD+!

Fermentation!

I need some NAD+

my cells are lackin’ oxygen

But using ATP

The NAD+’s important,

Are You gettin’ all of this?

it gets fed back into the pathway

of glycolysis”

It hit my ear, it was so clear

and all made sense to me

Although I had no oxygen

I still made ATP

Fermentation!

I need some NAD+

my cells are lackin’ oxygen

But using ATP

For all he’d done I took my prof

to sit down for a drink

admitting that his lesson earlier

had made me think

I took a swig of ale

And grinning wide, I said with glee

Oh, fermentation hurts but all in all

It’s fine by me

Fermentation!

I need some NAD+

my cells are lackin’ oxygen

But using ATPmakes double H2O

Fermentation!

Tatuagem - microscópio

Vídeo sobre o ciclo de Krebs (2)

Aqui fica mais um vídeo sobre o ciclo de Krebs, em versão karaoke.

Piadas científicas (11)

Por que se deve manter o silêncio absoluto nos laboratórios?
Para não desconcentrar os reagentes.

Qual é a diferença entre o pântano e o pantanal?
O pantanal tem oxigénio.

Mapa metabólico sobre a síntese da valina

Animação sobre PCR

Deixo aqui o link para o download de uma animação sobre o PCR. Está muito bem feita...

http://www.mediafire.com/?t0905c865va068x

Cartoon sobre transgénicos

Ciclo de Krebs (reações) - parte 1

Passo 1: fomação de citrato

Esta reacção irreversível é o 1º ponto de regulação do ciclo de Krebs. É uma reação em que o oxaloacetato se condensa com a acetil-CoA. Nesse processo forma-se um intermediário bastante energético (citroil-CoA) que rapidamente se converte em citrato. A molécula de CoA-SH libertada é reciclada para participar numa nova descarboxilação oxidativa do piruvato (catalisada pelo complexo piruvato desidrogenase).

Passo 2: formação de isocitrato via cis-aconitato

Esta reacção ocorre através da formação de um intermediário, o cis-aconitato, que se obtém por desidratação do citrato. Seguidamente, o cis-aconitato é hidratado formando-se isocitrato. Portanto, o citrato e o isocitrato são isómeros. Apesar desta reacção em condições celulares estar deslocada no sentido de produzir apenas cerca de 10% de isocitrato, o rápido consumo deste produto de reacção desloca a reacção no sentido directo. O fluoroacetato é uma molécula tóxica porque em condições fisiológicas converte-se em fluoroacetil-CoA, que se condensa com o oxaloacetato para formar fluorocitrato, o que inibe a aconitase, causando acumulação de citrato.

Passo 3: oxidação de isocitrato a α-cetoglutarato e CO2

Esta reação é um exemplo de uma descarboxilação oxidativa irreversível, sendo o 2º ponto de regulação do ciclo de Krebs. Na realidade, esta reação é um conjunto de 3 reações diferentes:

1. Desidrogenação do isocitrato, originando oxalosuccinato e produzindo-se NADH.

2. Ligação do Mn²⁺ ao grupo carbonilo do oxalosuccinato, estabilizando o enol e promovendo a libertação de CO₂.

3. Hidrogenação, com arranjo do híbrido de ressonância.

Passo 4: oxidação de α-cetoglutarato a succinil-CoA e CO2

Esta reação, tal como a anterior, é outro exemplo de uma descarboxilação oxidativa irreversível. É o 3º (e último!) ponto de regulação do ciclo de Krebs. Esta reacção é virtualmente idêntica à descarboxilação oxidativa do piruvato, levando também à formação de NADH. É uma reação muito exergónica devido à energia armazenada na ligação S-CoA.

Principais fontes bibliográficas:

- Quintas A, Freire AP, Halpern MJ, Bioquímica - Organização Molecular da Vida, Lidel

- Nelson DL, Cox MM, Lehninger - Principles of Biochemistry, WH Freeman Publishers

T-shirts científicas

Aqui fica um link de um site que vende inúmeras t-shirts científicas. Tem algumas bastante engraçadas... :)

http://yellowibis.spreadshirt.com/chem/p4

Curiosidades bioquímicas (3)

Para deixar as lentes dos óculos a brilhar pode-se usar vinagre. Uma gota em cada lente é suficiente.

Música sobre enzimas

Aqui fica o link para o download de mais uma música do Dr. Ahern (www.davincipress.com/metabmelodies.html), desta vez sobre enzimas. Foi feita com base na canção Downtown.

http://www.mediafire.com/?w0gd96oo6ecpymg

Enzymes

Reactions alone

Energy peaks

Are what an enzyme defeats

In its catalysis

Enzymes

Transition state

Is what an enzyme does great

And you should all know this

Enzymes

Catalytic action won't run wild - don't get hysteric

Cells can throttle pathways with an enzyme allosteric

You know it's true

So when an effector fits

It will just rearrange

all the sub-u-nits

Inside an

ENZYME!

Flipping from R to T

ENZYME!

Slow catalytically

ENZYME!

No change in Delta G

(Enzyme, enzyme)

You should relax

When seeking out the Vmax though

There are many steps

Enzymes

Lineweaver Burk

Can save a scientist work

With just two intercepts

Enzymes

Plotting all the data from kinetic exploration

Let's you match a line into a best fitting equation

Here's what you do

Both axes are inverted then

You can determine Vmax and

Establish Km for your ENZYMES!

Sterically holding tight

ENZYMES!

Substrates positioned right

ENZYMES!

Inside the active site

Enzymes (Enzymes, enzymes, enzymes)

Could starve your cells to the bone

Thank God we all produce

Enzymes

Units arrange

To make the chemicals change

Because you always use

Enzymes

Sometimes mechanisms run like they are at the races

Witness the Kcat of the carbonic anhydrases

How do they work?

Inside of the active site

It just grabs onto a substrate

and squeezes it tight

In an

ENZYME!

CAT-al-y-sis

In an ENZYME!

V versus S

In an

ENZYME!

All of this working for you

(Enzyme, enzyme)

Jogo sobre o colesterol

O Pacman foi um dos jogos de maior sucesso quando a era dos jogos de computador se iniciou. Hoje descobri uma adaptação desse jogo à Bioquímica, mais concretamente, ao colesterol. :)

http://www.weightlossresources.co.uk/funandgames/cholesterol.htm

Tatuagens DNA (5)

Animação sobre a degradação da glucose

Aqui fica o link para o download de uma animação sobre a degradação da glucose.

http://www.mediafire.com/?47pugrpueq4igby

Cartoon sobre clonagem (4)

Video sobre a respiração celular

Hey Soul Sister é uma música muito conhecida. A sua versão bioquímica é que nem por isso... :)