Feliz ano de 2013!

Desejo a todos os leitores do Mundo da Bioquímica um ano de 2013 repleto de sucessos pessoais e profissionais! :)

Urgente - Luís Manuel Matos Pinto

Caros amigos e leitores deste blogue, quero deixar um post que apesar de não ser sobre nenhum tema científico faz todo o sentido ser divulgado aqui. Trata-se da notícia do desaparecimento de um aluno meu. Peço a todos que divulguem o mais que puderem esta mensagem.

O Natal da família Pinto ficou marcado pela angústia, após o desaparecimento do filho único. Luís Manuel Matos Pinto, de 18 anos, saiu de casa, no lugar de Mirão, em São Tomé de Covelas, no concelho de Baião, ao início da tarde do passado domingo e não voltou a aparecer. As autoridades investigam.

Até agora, todos os cenários estão em aberto. Uma equipa cinotécnica da GNR de Penafiel e a Polícia Marítima da Régua fizeram buscas anteontem, mas não encontraram qualquer indício de acidente.

"Estivemos os dois cá fora, no fim do almoço, a conversar na brincadeira. Entretanto, ele recebeu uma chamada e eu tive de sair", contou, transtornado, Manuel Dinis, pai do jovem. Quando terminou o telefonema, cuja origem é desconhecida, Luís terá perguntado à mãe pelo pai e saiu da casa, sem levar dinheiro, documentos nem telemóvel. Vestia um quispo preto, calças de ganga e sapatilhas brancas.

"Não chegou a vir ter comigo", lamentou, inconsolável, o pai, que não percebe o que poderá ter acontecido.

Antes de sair, o jovem, estudante de Medicina Dentária na Universidade do Porto, terá ainda apagado tudo o que estava registado na memória do telemóvel e também na do computador.

"É um rapaz pacífico. Desconhecemos que tivesse inimigos e não notámos alterações no comportamento", garantiu Manuel Dinis. O pai apelou, pesaroso, para que se alguém souber do seu paradeiro que os avise.

O caso deverá ficar entregue à Polícia Judiciária.

Tatuagem - física quântica

Feliz Natal!

Mapa metabólico sobre o transporte de proteínas para o núcleo

Vídeo sobre os ácidos nucleicos

Cartoon sobre a gravidez masculina

Enantiómeros

Os enantiómeros são uma classe de isómeros que pertencem aos isómeros óticos, ou seja, são caracterizados por diferirem em regiões que contém pelo menos um carbono quiral.
Os enantiómeros são considerados imagem de espelho um do outro, tal como acontece com as nossas mãos. São, portanto, moléculas simétricas e não sobreponíveis.

No entanto, quando se tenta comparar dois potenciais enantiómeros, nem sempre é fácil imaginar a rotação das moléculas no espaço de forma a verificar se se tratam de imagens de espelho uma da outra. Por isso, o melhor a fazer é utilizar a definição de enantiómero. Essa definição diz-nos que os enantiómeros são moléculas que diferem entre si na configuração de todos os carbonos quirais. Portanto, o que se deve fazer é:
1. Identificar todos os carbonos quirais da molécula.
2. Verificar se a configuração de cada um deles se mantém ou difere no possível enantiómero.
Quando eu falo em configuração diferente, estou a referir-me à situação em que é impossível sobrepor todos os substituintes de um carbono quiral nas duas moléculas. Se a configuração de TODOS os carbonos quirais for diferente, são enantiómeros. Se existir pelo menos um carbono quiral com a mesma configuração nas duas moléculas, já não são enantiómeros.
Finalmente, por definição, quando existe apenas 1 carbono quiral numa molécula, e a correspondente configuração é diferente nos dois isómeros, tratam-se de enantiómeros.

Música sobre a bioquímica

Esta canção do Dr. Ahern (www.davincipress.com/metabmelodies.html) é daquelas que não deixa ninguém indiferente. Baseada na música If You're Happy and You Know It, Clap Your Hands, cobre vários aspetos da bioquímica. Vamos lá, toda a gente a cantar... :)

If You're Molecular and Know It, Clap Your Hands

Instructor sings regular text, class sings bold text

If you want to have a lot of energy (En-er-gy)
You had better make a lot of ATP (A-T-P)
I will only tell you once
You need proton gradients
And a bunch of starting stuff like ADP (A-D-P)

If you hanker for a sweet thing you can taste (You can taste)
And your Atkins diet book has been misplaced (been misplaced)
You should know adrenalin
Is an aid to getting thin
Putting phosphates onto enzymes trims your waist (trims your waist)

If you're feeling kind of achy in your ways (in your ways)
And that hangover has hung around for days ('round for days)
You should know you silly dear
Pain does not come from your beer
Prostaglandin's made by PGH synthase (H synthase)

There are acids in the bile that make up gall (make up gall)
Which emulsify triacylglyerol (glycerol)
If your health is gone to hell
You should blame the LDLs
'Cause they carry all of that cholesterol (lesterol??)

Some phosphates and a sugar on a base (on a base)
Make up C's and G's and U's or T's and A's (T''s and A's)
You can make a DNA
Or a strand of RNA
If you add a template and polymerase (lymerase??)

If you want to ace this test with utmost ease (utmost ease)
You don't really have to get down on your knees (on your knees)
And you need not say a prayer
So please don't pull out your hair
Just go download QuickTimes or the MP3s (MP3s)

Frase célebre (16)

Sobre as alavancas:
Dêem-me um ponto de apoio e eu moverei a Terra. (Arquimedes)

Vídeo sobre nome de proteína

A titina é a maior proteína que existe no nosso organismo. É composta por quase 27000 resíduos de aminoácido e tem uma massa molar de cerca de 3 toneladas/mole!!! Como devem imaginar, não deve ser fácil pronunciar o seu nome por extenso. Aqui fica um vídeo de alguém corajoso que passou mais de 3 horas a dizer o nome desta proteína, que em inglês tem "apenas" 189819 letras. Se repararem com atenção, até dá para ver que durante o vídeo a barba cresceu um bocado. eheheh

Obrigado ao Hélder Pimenta por esta contribuição! :)

Mapa metabólico sobre a via de sinalização da fosfolipase C

Tatuagem - Genética

Vídeo sobre a estrutura e replicação do DNA

Cartoon sobre nanociência

Será que com a nanociência vai ser possível criar "nanofunções"? eheheh

Isómeros geométricos

Os isómeros geométricos pertencem à família dos estereoisómeros, mais concretamente, dos isómeros configuracionais. Portanto, como o próprio nome indica, diferem entre si na configuração de um ou mais carbonos. A particularidade deste tipo de isomeria é que envolve carbonos não tetraédricos, ou seja, carbonos que não estabelecem 4 ligações simples. Dito de uma forma mais simples, envolve carbonos que estabelecem ligações duplas.

 O caso clássico deste tipo de isomeria são os isómeros cis e trans, em que a configuração de um dos carbonos envolvido na ligação dupla muda. Convém referir que estes isómeros não são conformacionais, pois as ligações duplas não podem sofrer rotação.

Finalmente, queria também destacar que é preciso cuidado quando se compara duas moléculas que diferem entre si numa região que contém ligações duplas. Neste caso, só se tratará de um caso de isomeria geométrica se se descartar primeiro a possibilidade de se tratar de isomeria constitucional. Por exemplo, na imagem seguinte, as duas primeiras moléculas são isómeros geométricos, enquanto que as moléculas 1 e 3, ou 2 e 3 são isómeros constitucionais.

Música sobre PCR

A técnica de PCR está presente no dia a dia de muitos investigadores. Graças ao Dr. Ahern (www.davincipress.com/metabmelodies.html), pode também estar presente sob a forma de música. Esta canção foi baseada na  conhecida She’ll Be Comin’ Around the Mountain,

PCR Woes

First you must design the primers- PCR!
Make sure that they won't form dimers - PCR!
Then you check the melting T's
A's and T's are two degrees
And it's four for G's and C's in PCR!

Oh the thermocycler's set for PCR!
If this fails you'll be upset with PCR!
First you melt and did I mention
It's anneal and then extension
Copying is the intention - PCR!

Many times the protocol you've tried to fix
Checking all your tubes and then your mastermix
Looking for contamination
As you build up your frustration
If there's no amplification - PCR!

You can use reverse transcription - PCR!
Surely you'll throw a conniption - PCR!
Other types may give you trouble
Oh there's inverse and there's bubble
Your anxiety will double - PCR

Oh you've really got to amplify this strand
Hope that when you run your gel you've got a band
Didn't get what you expected
Damn this project you selected
Now you're feeling quite dejected - PCR!

Frases célebres (15)

Existem apenas duas coisas infinitas, o universo e a estupidez humana, e eu não tenho certeza acerca da primeira. (Albert Einstein)

Tatuagem - equação de Schrodinger

Mapa metabólico sobre apoptose induzida por radicais livres

Cartoon sobre o cérebro

Vídeo sobre os hidratos de carbono

Feliz Halloween

Isómeros conformacionais

Hoje vou dedicar um post aos isómeros conformacionais, que são uma classe pertencente aos estereoisómeros. Este tipo de isomeria é um pouco controverso, havendo quem considere como sendo, de facto, um tipo particular de isómeros, e quem considere que se trata de diferentes estruturas da mesma molécula.

Para se compreender o conceito de isómero conformacional, convém começar por destacar uma propriedade que apenas se observa nas ligações simples – a capacidade de sofrerem rotação, funcionando como um eixo. 

 

Nesse sentido, regiões de uma molécula que possuam ligações simples são caracterizadas por apresentarem uma elevada flexibilidade rotacional.

Quando se compara duas moléculas, se for possível converter uma na outra através de rotação em torno de uma (ou mais) ligação simples, tratam-se de isómeros conformacionais.

Uma vez que, na realidade, as duas moléculas são convertíveis sem ser necessário clivar ou criar novas ligações covalentes (é essa a definição de conformação, tal como expliquei num post anterior…), há quem defenda que essas moléculas não devem ser consideradas isómeros.

Música sobre os codões

Esta música foi feita a partir da famosa When I'm Sixty Four, e fala sobre os codões. Foi criada pelo Dr. Ahern (www.davincipress.com/metabmelodies.html).

The Codon Song

Building of proteins, you oughta know
Needs amino A's
Peptide bond catalysis in ribosomes
Triplet bases, three letter codes
Mixing and matching nucleotides
Who is keeping score?
Here is the low down
If you count codons
You'll get sixty four

Got - to - line - up - right
16-S R-N-A and
Shine Dalgarno site

You can make peptides, every size
With the proper code
Start codons positioned
In the P site place
Initiator t-RNAs
UGA stops and AUGs go
Who could ask for more?
You know the low down
Count up the codons
There are sixty four

Frases célebres (14)

A ignorância afirma ou nega, a ciência questiona. (Voltaire)

Mapa metabólico sobre a fibrinólise

Tatuagem - Neurónio

Vídeo sobre isómeros

Cartoon sobre experimentação animal

Isómeros constitucionais

Nos próximos tempos vou dedicar alguns posts aos diferentes tipos de isómeros que as moléculas podem apresentar. Vou começar com os isómeros constitucionais…

Este tipo de isomeria envolve alterações no padrão de ligações covalentes existentes numa molécula. Ou seja, quando estamos a comparar dois isómeros, de forma a tentar perceber que tipo de isomeria existe entre eles, a primeira coisa a fazer é olhar para o esqueleto covalente das mesmas. Basicamente a ideia é a seguinte… temos que ver se cada átomo de uma molécula estabelece exatamente o mesmo tipo de ligações com os mesmos substituintes, que o correspondente isómero. Se existir pelo menos uma diferença nessas ligações, tratam-se de isómeros constitucionais.

Nesse sentido, podemos ter várias situações que podem ocorrer, sem as mais frequentes:

1. Mudança da identidade dos grupos funcionais

Nalguns casos, a alteração do padrão de ligações covalentes pode levar a mudanças na identidade dos grupos funcionais, tais como o seguinte exemplo.

2. Mudança da posição dos grupos funcionais

Neste caso particular, os isómeros designam-se de isómeros de posição.

 

3. Mudança de posição de ligações duplas

Nesta situação as ligações duplas das moléculas mantêm-se, apenas mudam de sítio dentro da molécula.

4. Ciclização de alcenos

Por vezes os isómeros constitucionais surgem quando um alceno sofre ciclização, perdendo nesse processo a ligação dupla.

Música sobre as proteínas

O Dr. Ahern (www.davincipress.com/metabmelodies.html) criou uma marcha das proteínas, inspirado pela The Ants Go Marching One by One.

March of the Proteins

Oh there's a method you should know that's very huge
It's spinning round and round inside the centrifuge
The supernatant, pellet too
You choose the one that's right for you
And from there we pu-ri-fy
What's inside

To size exclude filtration is the way to go
The beads have pores small proteins can go in you know
The largest ones, they come out fast
The smallest ones eluting last
And the proteins purified
By their size

Electrons power gel e-lec-tro-pho-re-sis
The protein is denatured thanks to SDS
Proteins in a minus state
Get sorted by atomic weight
Smaller ones in speedy mode
To the anode

Ion exchange is special chromatography
To switch cations, you must have a minus bead
Upon this bead, the proteins bind
They're positive, not any kind
And the others wash right through
Out to you

Oh my this song has given you a mighty list
Perhaps we'll just skip over ol' dialysis
So study HPL and C
If you have questions, talk to me
You will get through protein hell
You'll do well.

Tatuagens - elementos químicos "ThInK"

Mapa metabólico sobre o mecanismo de ação do antrax

Frase célebres (13)

O melhor médico é aquele que conhece a inutilidade da maior parte das medicinas. (Benjamin Franklin)

Vídeo sobre isomerismo

Cartoon sobre experiências

Conformação vs. configuração

Antes de começar a colocar posts sobre os diferentes tipos de isómeros, vou dedicar um post a um aspeto que é muito importante quando se estuda a isomeria das moléculas. Apesar da sua grande importância, é um assunto por vezes confuso… Estou a falar da diferença entre conformação e configuração. :)

Estes dois conceitos são muitas vezes usados indistintamente, mas representam coisas bem diferentes. Conformação diz respeito à orientação espacial relativa de uma parte de uma molécula em relação a outra. Ou seja, é um aspeto que não está diretamente relacionado com as ligações covalentes que se estabelecem dentro da molécula, mas sim com a possível rotação das mesmas.

Quando falamos em rotação em torno de ligações covalentes, estamos apenas a referir as ligações simples, pois são só essas que podem sofrer rotação. Basicamente este conceito é facilmente entendido se pensarmos que as ligações funcionam como um eixo…

É importante referir que quando se fala em diferentes conformações não temos que necessariamente rodar todas as ligações covalentes de uma molécula, pode ser apenas uma parte da mesma.

Concluindo, é possível converter uma conformação noutra sem clivar ou formar ligações químicas, bastando para isso rodar determinadas ligações covalentes simples.

A configuração é um conceito que diz respeito à ordem pela qual diferentes substituintes, ligados a um mesmo átomo central, estabelecem ligações covalentes. Ou seja neste caso trata-se claramente de um aspeto que é uma consequência direta do esqueleto covalente das moléculas.

Para se mudar a configuração, é sempre obrigatório clivar e formar novas ligações covalentes…

Em conclusão, o conceito de conformação engloba porções de uma molécula que não estão diretamente ligadas ao mesmo átomo e não envolvem o esqueleto covalente das moléculas, enquanto a configuração relaciona partes da molécula que estão ligadas a um mesmo átomo, havendo por isso um envolvimento direto do esqueleto covalente da mesma.