quinta-feira, 16 de junho de 2011

Glicólise (enzimas da fase payoff)

A fase payoff, conforme já referi anteriormente, diz respeito ao conjunto das últimas 5 reacções da glicólise e permite à célula obter energia nesse processo. Cá vão algumas ideias sobre as 5 enzimas da fase payoff...

6ª Enzima - Gliceraldeído-3-fosfato desidrogenase
Esta enzima, muitas vezes abreviada de GAPDH, apresenta-se sob a forma de um tetrâmero. Cada subunidade possui cerca de 35,9kDa (331 aminoácidos) e apresenta como cofactor uma molécula de NAD+. As subunidades são designadas por O, P, Q e R e são independentes umas das outras. Ou seja, cada subunidade catalisa a sua reacção sem a intervenção das restantes. Tal como descrito no post sobre as reacções da fase payoff, a reacção que esta enzima catalisa é dupla, envolvendo uma oxidação e uma adição de um grupo fosfato. É uma enzima que pode ser afectada pela presença de arsénio no nosso organismo, levando a que o rendimento da glicólise passe a ser nulo. O seu mecanismo de actuação envolve simultaneamente uma catálise covalente e ácido-base. Para tal, é indispensável a participação da cisteína 149 e da histidina 176 para os dois tipos de catálise, resectivamente. O substrato liga-se covalentemente à cisteína, formando um hemitioacetal. A nível laboratorial esta enzima é amplamente utilizada (eu também a utilizo...) como um controlo positivo em técnicas como immunoblotting ou RT-PCR, pois de uma maneira geral a sua expressão é constante em quase todos os tipos celulares. Por isso, é possível determinar alterações na expressão de determinado gene ou na presença de determinada proteína, comparando-a com os níveis de GAPDH.

7ª Enzima - Fosfoglicerato cinase
Esta enzima necessita de Mg2+ para efectuar a sua actividade catalítica. O nome da enzima deriva da reacção no sentido reverso, que ocorre durante a fixação fotossintética de CO2. É a responsável pela produção das primeiras moléculas de ATP na glicólise. A sua sequência de aminoácidos apresenta-se extremamente conservada em diferentes organismos. A enzima é monomérica, composta por dois domínios de tamanhos equivalentes, que corresponde às metades N- e C-terminal. O substrato (1,3-bisfosfoglicerato) liga-se à primeira metade, enquanto que o ADP se liga à segunda. Apresenta um mecanismo de cinética sequencial, em que a catálise de dá por efeitos de proximidade.

8ª Enzima - Fosfoglicerato mutase
A fosfoglicerato mutase é dimérica, sendo que cada uma das suas subunidades tem cerca de 32kDa. Conforme o nome indica, esta enzima é uma mutase, ou seja, catalisa a transferência de grupos fosforilo dentro de uma molécula. Por outras palavras, muda os grupos fosforilo de posição. Na realidade, a enzima encontra-se fosforilada (é uma fosfoenzima), e vai ceder o seu grupo fosforilo ao carbono 2 do substrato, originando um intermediário com 2 grupos fosforilo (2,3-bisfosfoglicerato). Só depois desse passo ocorrer é que o grupo fosforilo que se encontrava inicialmente no substrato (na posição 3) é removido, regenerando a forma inicial (fosforilada) da enzima.
A fosfoglicerato mutase possui 3 diferentes isoformas (isozimas, ou isoenzimas), sendo que uma delas é predominantemente encontrada no músculo cardíaco, outra no músculo esquelético e a terceira nos restantes tecidos.

9ª Enzima - Enolase
A enolase é uma metaloenzima dimérica, sendo que cada subunidade possui cerca de 40-50kDa. Essas subunidades apresentam uma orientação antiparalela, interactuando uma com a outra através de 2 pontes salinas, envolvendo uma arginina e um glutamato cada. O domínio N-terminal das subunidades possui 3 alfa-hélices e 4 folhas beta. O domínio C-terminal possui 2 folhas beta e 2 alfa-hélices, sendo que termina com um barril composto por folhas beta e alfa-hélices alternadas. Os 2 iões Mg2+ necessários para a actividade catalítica são fundamentais na neutralização de cargas negativas. Esta enzima apresenta um pH óptimo de cerca de 6,5, e pode ser também designada por fosfopiruvato desidratase. Foi incialmente descoberta em 1934, pelos investigadores Lohmann e Meyerhof. Tal como aconteceu com a enzima anterior, a enolase também possui 3 isoformas diferentes, sendo que uma é predominantemente encontrada no tecido muscular, outra nos neurónios e outra nas restantes partes do organismo.
A enolase é inibida pelo ião fluoreto, sendo que este facto é explorado, por exemplo, quando se fazem colheitas de sangue para análise. Nesse caso, quando é importante inibir a glicólise (para manter a concentração de glucose sanguínea inalterada), o sangue pode ser recolhido em tubos que contêm fluoreto.

10ª Enzima - Piruvato cinase
Esta enzima é responsável pela segunda produção de ATP na glicólise e é a terceira enzima regulatória dessa via metabólica. Necessita de 2 iões metálicos para funcionar: K+ e Mg2+ (ou Mn2+). Apresenta 4 diferentes isoformas, uma predominantemente localizada no fígado, outra nos glóbulos vermelhos, outra no músculo esquelético e cardíaco e cérebro e a última é essencialmente encontrada em tecidos fetais. É uma enzima tetramérica, sendo que cada subunidade apresenta cerca de 500 aminoácidos.


Principais fontes bibliográficas:
- Voet D, Voet JG, Biochemistry, Wiley
- Nelson DL, Cox MM, Lehninger - Principles of Biochemistry, WH Freeman Publishers

quarta-feira, 15 de junho de 2011

Piada química

De um Químico apaixonado...
Berílio Horizonte, zinco de benzeno de 1999.

Querida Valência:

Não estou a ser precipitado e nem desejo catalisar nenhuma reação irreversível entre nós os dois, mas sinto que estrôncio perdidamente apaixonado por ti. Sabismuto bem que te amo. Posso assegurar-te de antimónio que não sou nenhum érbio e que trabário muito para ter uma vida estável.
Lembro-me de que tudo começou nurânio passado, com um arsênio de mão, quando atravessávamos uma ponte de hidrogénio. Tu estavas em um carro prata, com rodas de magnésio. Houve uma atração forte entre nós os dois, acertamos os nossos coeficientes, compartilhamos os nossos eletrões, e a ligação foi inevitável. Inclusivé depois, quando te telefonei, mesmo tomada de enxofre, respondeste carinhosamente:
"Protão, com quem tenho o praseodímio de falar?"
O nosso namoro é cério, estava índio muito bem, como se morássemos em um palácio de ouro, e nunca causou nenhum escândio. Eu brometo-te que nunca haverá gálio entre nós e até já disse quimicasaria contigo.
Espero que não estejas saturada, pois devemos procurar uma reação de adição e não de substituição.
Soube que a Inês te contou que eu te embromo: manganês cuidar do teu cobre e acredita níquel que te digo, pois sabe que eu nunca agi de um modo estanho. Caso algum dia te faça algum mal, eu sugiro que procures um avogrado e que me metais na cadeia.
Sinceramente, não sei por que é que estás a procura de um processo de separação, como se fóssemos misturas e não substâncias puras! Mesmo sendo um pouco volátil, o nosso relacionamento não pode dar errádio. Se isso acontecesse, irídio embora urânio de raiva. Espero que não tenhas tido mais contacto com o Hélio (que é um nobre!), nem com o Túlio e nem com os estrangeiros (Germânio, Polónio e Frâncio). Esses casos devem sofrer uma neutralização ou, pelo menos, uma grande diluição.
Antes de deitar-me, ainda com o candeeiro acésio, descálcio os meus sapatos e mercúrio no silício da noite, pensando no nosso amor que está acarbono e sinto-me sódio. Gostaria de deslocar este equilíbrio e fazer com que tudo voltasse à normalidade inicial. Sem ti a minha vida teria uma densidade desprezável, seria praticamente um vácuo perfeito. Tu és a luz que me alumínio e estou triste porque actualmente o nosso relacionamento possui pH maior que 7, isto é, está naquela base.
Valência, não sais do meu pensamento, em todas as suas camadas.

Abrácidos do:

Marcelantânio

terça-feira, 14 de junho de 2011

Mapa metabólico sobre a síntese de glicerofosfolípidos (fosfatidilcolina)


A fosfatidilcolina pode ser sintetizada de diversas formas no nosso organismo. Aqui ficam dois mapas metabólicos que ilustram essas possibilidades...
Uma das opções envolve a adição do grupo polar (fosfato + colina) a uma molécula de diacilglicerol.

Alternativamente, pode ser sintetizada através de uma metilação tripla da cabeça polar de uma molécula de fosfatidiletanolamina.


http://www.biocarta.com/genes/Metabolism.asp

segunda-feira, 13 de junho de 2011

domingo, 12 de junho de 2011

Vídeo sobre a oxidação do piruvato e o ciclo de Krebs

Aqui fica um vídeo sobre o que acontece ao piruvato na mitocôndria, quando este é utilizado como fonte de energia. É um vídeo muito interessante, com bastante detalhe ao nível das reacções bioquímicas.

sábado, 11 de junho de 2011

Animação sobre a respiração celular

Aqui fica um link para o download de mais uma animação flash, desta vez sobre a respiração celular. A animação está em português.

http://www.mediafire.com/?c2i1y4q2zy2qbrm

sexta-feira, 10 de junho de 2011

Ciclo da ureia (principais aspectos)

Ciclo da ureia
- Tipo de via metabólica: anabólica cíclica
- Objectivo: produção de ureia a partir de ião amónio, bicarbonato e grupo amina do aspartato
- Localização subcelular: mitocôndria e citosol
- Nº de reacções bioquímicas: 4
- Rendimento energético (por ciclo): -1 ATP (é hidrolisado a AMP, ou seja, há um gasto de 2 ligações fosfato) e -2ATP (gasto na reacção de síntese do substrato do ciclo da ureia, o carbamoil fosfato)
- Produto final (por ciclo): 1 ureia